主任: 刘利刚
副主任: 张举勇(常务副主任)、李新、陈仁杰、吴超
秘书处(秘书长): 傅孝明、翟晓雅
秘书处(干事): 方清、蔡有城
行政秘书: 张慧

实验室依托中国科学技术大学数学科学学院，设立学术委员会、实验室主任、室务办公室等管理工作单元，以及图形计算研究室、感知交互研究室、产学研中心等研究工作单元，将实行“学术委员会指导下的主任负责制”，形成决策机构+科研机构+运行机构“三位一体”的组织架构（如下图）。